La notion de navigation en flotille correspond certainement plus à la mentalité anglo-saxonne qu'au mode de vie traditionnel des Français ... Toujours est-il qu'un groupe de kayaks doit avoir un chef, une organisation théorique, et un certain type de comportement.
Le chef est aussi obligatoire que le capitaine sur un navire, et le premier de cordée en haute montagne. C'est lui qui emmène les autres, et assume leur sécurité. A eux de l'admettre, et de lui faire confiance quoique qu'il arrive. Même si individuellement on n'est pas d'accord, il faut suivre les décisions du chef. Même si l'affaire tourne mal, il faut bien comprendre qu'en agissant avec de la mauvaise volonté, on diminue les chances de tous de s'en sortir.
L'organisation du groupe commence par la remarque suivante : faire naviguer ensemble des kayaks au comportement différent (ceux qui loffent et ceux qui abattent) peut poser de gros problèmes en cas de mauvais temps. 7 à 8 kayakistes constituent un maximum.
Le principe est de naviguer assez groupés pour que d'un bout à l'autre de la flotille on se trouve à portée de voix. Il doit être toujours possible de se mettre en radeau instantannément. Un bon kayakiste navigue en éclaireur et donne le rythme ; un autre se tient en serre-file ; le chef se tenant sur le côté au vent de la flotille, afin de pouvoir intervenir facilement.
Chaque kayakiste doit garder à l'esprit qu'il est responsable de la sécurité des pagayeurs voisins ; et que ces derniers veillent sur lui. Il doit bien comprendre que s'il attente à sa propre sécurité, en s'éloignant de la flotille par exemple, ou en ne respectant pas les consignes, il met en cause la sécurité de tout le groupe. Il faut cependant reconnaître que par certaines conditions de mer, rester groupés demande de la concentration.
Une flotille de kayaks n'est jamais très visible en mer. On doit éviter de couper la route d'un autre bateau, et raisonner toujours comme si on était réellement invisible.